O que você está vendo parece mais uma mudança no gerenciamento de energia do que um caso do sistema operacional danificando a bateria. Pode ser que suas configurações de gerenciamento de energia no Windows tenham sido muito mais agressivas do que as que você está usando no Ubuntu. Demora apenas um atraso de espera no ecrã mais longo, não desliga o HDD durante o sono, etc. para fazer a diferença na duração da bateria que está a ver.
Enquanto isso, a idade simples está esgotando a capacidade da bateria ao longo do tempo, portanto, depois de rodar o Ubuntu por alguns meses (muitas dezenas de ciclos de carga, provavelmente), você veria uma vida um pouco reduzida ao voltar ao Windows mesmo com configurações de gerenciamento de energia idênticas ao uso anterior do Windows.
Em geral, no entanto, não, a mudança do sistema operacional não danificará sua bateria - mas apenas o uso da máquina durante um período de anos irá desgastar a bateria, lentamente.