iTunes on Wine é a coisa mais próxima de "native" mas não é suportado muito bem e não será possível sincronizar o dispositivo.
O iTunes através do VirtualBox provavelmente proporcionará a mais alta qualidade de experiência. Você provavelmente poderá usar dispositivos (leia-se: iPods, iPhones, iRacks , etc) como você faria com uma instalação real do Windows. É apenas pesado.
Eu me pergunto por que você quer rodar o iTunes. Se é apenas para comprar, reproduzir e sincronizar arquivos de áudio, existem alternativas (Rhythmbox, Banshee, Amarok, MPD + Frontends, etc) que são indiscutivelmente melhores e são verdadeiramente aplicativos nativos. Eles só precisam se acostumar um pouco.