Como mencionei na edição da pergunta, os arquivos estão lá, mas g++
não consegue encontrá-los. O HDFGroup nos diz para usar h5c++
para compilar programas que usam arquivos de cabeçalho hdf5. Como menciona o Steeldriver nos comentários sobre a questão, é um script auxiliar; Eu testei e resolvi o problema que estava enfrentando.