Você precisa de um tema para o GTK que não tenha essas barras de rolagem de sobreposição. A maioria dos temas anteriores a 15.10 deve funcionar, por exemplo, Irradiance .
Você precisa usar a ferramenta Unity Tweak, Unsettings ou uma ferramenta semelhante para selecionar o tema, já que as configurações oficiais do Unity tratam apenas de temas da versão atual do Unity.