Eu resolvi o problema excluindo icon-theme.cache
em /usr/share/icons/Paper/
. Para recriar o arquivo de cache (que aparentemente reduz o uso do disco, de acordo com a página do manual), execute
sudo gtk-update-icon-cache /usr/share/icons/Paper/
e selecione novamente o tema de ícones na Ferramenta Unity Tweak. Uma reinicialização não deve ser necessária.