Eu tive / tive esse problema exato ... exceto que não estava faltando todas as bibliotecas adicionais que você é. Acabei de fazer o download do compilador mais recente do gcc e executei:
sudo sh your_cuda_run_file --override
E então eu fiz um teste com um tutorial de GPU de fluxo de tensor e ele funcionou perfeitamente.
No entanto, este é meu desktop "hpc", onde não guardo nada importante, e tenho uma nova instalação do ubuntu ... para que eu possa instalar o Cuda em um sistema operacional não suportado (Ubuntu 15.10) e usar um compilador não suportado (gcc 5.2.1).
A configuração "correta" é 15.04 (que eu acho que você ainda pode obter em um bittorrent) e gcc 4.8 ou 4.9.1 ou algo assim.
De qualquer forma, nada estúpido pode acontecer - o BIOS protege o hardware ... e o software pode ser recuperado do modo de segurança. Então, sim: anule isso.