Execute o comando abaixo no terminal
xdg-open ~/.local/share/applications
Procure por arquivos relacionados ao vinho como o wine-extension-chm.desktop, o wine-extension-txt.desktop, o wine-extension-xml.desktop .... e exclua-os.
Uma vez feito isso, você não deve ver nenhum dos programas relacionados ao vinho no menu de contexto do botão direito.