Você sabe, se o disco rígido usa uma estrutura GPT ou MBR? Se for GPT, deve haver também um MBR falso correspondente. Talvez esses dois não sejam consistentes.
Algum tempo atrás, tive um problema semelhante. O instalador do Ubuntu não conseguiu detectar a nova instalação do Windows 7. Eu resolvi isso limpando os primeiros setores do meu disco rígido. Então eu poderia criar uma estrutura limpa de MBR e instalar o Windows e o Ubuntu novamente. Antes de continuar com as etapas experimentais, você deve criar um backup completo da instalação do Windows.