Isso depende de como você criou seu pendrive. Se você usou o dd para copiar a imagem para o dispositivo bruto (não uma partição), então eu não vejo como você poderia adicionar as partições necessárias depois.
Se você tiver uma tabela de partição no bastão, crie as partições necessárias e selecione o esquema de particionamento apropriado que deseja usar. Isso provavelmente irá sobrescrever o bootloader ou sua configuração para o LiveISO, o que pode ser difícil de resolver, mas se você pretende inicializar o UEFI e montar o ISO como na seção 2 de Como criar mídia ao vivo USB inicializável somente UEFI? , então deve ser possível instalar em outra partição no mesmo dispositivo de armazenamento e usar a partição FAT como ESP.
É quase o oposto de colocar um LiveISO no seu ESP e configurá-lo de acordo com as instruções do link. Você também pode criar uma partição inicializável do BIOS na GPT se você precisar, configurar a inicialização do MBR pode ser feito quase da mesma forma maneira (incorporar a imagem MBR é um pouco complicado), mas eu não olhei para isso.