Unity e Compiz estão usando o GConf para armazenar suas configurações. O GConf é um armazenamento de configuração que fornece uma API para que os aplicativos leiam e gravem informações de configuração e recebam notificações quando os itens de configuração forem alterados. Os dados de configuração são salvos em ~/.gconf , mas as modificações só devem ser feitas através do daemon GConf.
Você pode modificar as configurações do Unity diretamente usando gconf-editor e navegando para /apps/compiz-1/plugins/unityshell/screen0/options . Você notará que o Unity responde a alterações instantaneamente, da mesma forma que o CCSM.
Se você quiser que uma ferramenta de linha de comando modifique essas configurações, use gconftool-2 . Por exemplo, para reduzir o tamanho do ícone do lançador, posso fazer:
gconftool-2 --set /apps/compiz-1/plugins/unityshell/screen0/options/icon_size --type int 32