Instale o pacote de desenvolvimento libmutter-dev via
sudo apt-get install libmutter-dev
Por quê? É por isso que.
% apt-file search meta/prefs.h
libmuffin-dev: /usr/include/muffin/meta/prefs.h
libmutter-dev: /usr/include/mutter/meta/prefs.h
e porque estamos falando de mutter
mutter/src/core/core.c
libmutter-dev está correto.