Há algumas informações ausentes aqui para você chegar onde precisa estar. Se você reiniciou o MySQL no modo de segurança, você alterou a senha para o usuário root? Existem vários usuários root na tabela de usuários? Por exemplo, você pode ter root @ localhost, root @%, root @.
Depois de fazer alterações na tabela de usuários, você precisa FLUSH PRIVILEGES; Se você não fizer suas alterações (ou seja, a senha sendo atualizada) não será refletido.
Se o seu my.cnf (arquivo de configuração do MySQL) tiver o servidor limitado apenas ao acesso ao localhost, você não terá permissão para acessar o MySQL de fora do servidor, portanto, se o PHPMyAdmin estiver sendo executado em outra máquina, ser permitido. Mudanças de configuração do Cartain podem exigir que você reinicie o MySQL também, então tente dar uma olhada no que eu mencionei aqui e veja se isso ajuda, caso contrário, forneça mais algumas informações para que possamos ajudá-lo ainda mais.