Não conheço nenhum espectador de CHM que possa.
Você pode converter o documento chm em pdf e usar uma ferramenta de anotação para pdf arquivos: Como posso destacar ou anotar PDFs?
Para converter o arquivo chm , instale chm2pdf
sudo apt-get install chm2pdf
e crie um pdf , por exemplo:
chm2pdf --book yourfile.chm