Posso sugerir o uso de pastas compartilhadas? Em seguida, você pode colocar os arquivos fasta em sua máquina host e acessá-los a partir do host e do convidado.
Isso nos ajudaria se você especificasse qual é o seu host do sistema operacional (acredito no Windows, mas quais são? 7, 8, 10?) e a versão do Ubuntu na sua VM.
Verifique também se você tem as adições de comentários instaladas.