Eu o resolvi com uma boa energia na porta. Em um desktop, era um hub dedicado com uma fonte de alimentação externa, no Raspberry Pi 2 era uma fonte de alimentação de 2,5 A. Também instalei um novo kernel do git - e isso (problema de desconexão) acabou! Se você tiver mais problemas, tente remover um gabinete do pen drive USB e aplique um bom radiador e cooler no chip - eu fiz isso desde o início, mas apenas o resfriamento não salvou meu dia