Existem muitas maneiras de realizar o que você deseja. Eu acho que o melhor método para você é criar um atalho na área de trabalho chamado Mathematica, e apenas clicar duas vezes nele para iniciar o programa. Para fazer isso:
Abra gedit
, crie um novo arquivo com o seguinte, chame-o de Mathematica.desktop e coloque-o na área de trabalho:
[Desktop Entry] Name=Mathematica Comment=Launch the Mathematica program Exec=/usr/NKS/Mathematica/mathematica Terminal=false Type=Application
Abra um terminal e digite chmod +x ~/Desktop/Mathematica.desktop
para torná-lo "executável" (ou seja, duplo clique). É isso aí. Clique duas vezes no arquivo na área de trabalho chamado Mathematica e ele deve funcionar.