Você pode definir o proxy nas configurações do sistema - > Rede - > Proxy de Rede.
Se ainda não está OK para o apt, você pode usar vários métodos, eu pessoalmente uso método de adição
as seguintes linhas para /etc/apt/apt.conf
:
Acquire::http::proxy "http://username:password@proxyserver:port/";
Acquire::https::proxy "http://username:password@proxyserver:port/";
Salvar e reinicializar