Por que você faria alterações na base de código do hostapd? O Hostapd é mantido muito bem e funciona muito bem. O Hostapd é um aplicativo para configurar um software AP, como você obviamente sabe. Isso afeta apenas o adaptador de rede especificado no arquivo de configuração do hostapd e nada mais. Somente quando você ativa o hostapd isso entra em jogo.
Basicamente, você pode alterar o que quiser e, se o mau funcionamento do hostapd parar, e tudo estiver como estava antes. Eu recomendo que você inicie e pare o hostapd do terminal durante seus experimentos.
É claro que você precisa usá-lo com um segundo adaptador de rede e não com o que você está usando para sua conexão de rede normal.