Os sistemas de arquivos subjacentes usados pelo Ubuntu, como ext2 e ext3, simplesmente não precisam ser desfragmentados porque não fragmentam arquivos da mesma maneira que o NTFS. Há mais detalhes em ext3 - Wikipedia, a enciclopédia livre
Por que a desfragmentação é desnecessária no Ubuntu?
Os sistemas de arquivos subjacentes usados pelo Ubuntu, como ext2 e ext3, simplesmente não precisam ser desfragmentados porque não fragmentam arquivos da mesma maneira que o NTFS. Há mais detalhes em ext3 - Wikipedia, a enciclopédia livre
Alguns argumentam que na verdade é um mito que não precisamos de desfragmentação. Argumentamos que, de fato, precisamos disso, mas apenas quando o sistema de arquivos ficar bastante cheio (ou seja, menos de ~ 10% de espaço livre). Ferramentas estão disponíveis para desfragmentação, como e2defrag.
A fragmentação é o produto da gravação de arquivos nos primeiros blocos abertos disponíveis em uma unidade. Ao longo do tempo, à medida que os arquivos são criados e excluídos, pequenas seções do disco são abertas, o que faz com que os arquivos recém-gravados sejam divididos em várias dessas aberturas. Isso pode reduzir o desempenho, embora tenha sido muito mais um problema no passado com hardware lento e discos lentos.
O sistema de arquivos padrão no Ubuntu, ext4 (e até recentemente, ext3) são projetados para limitar a fragmentação dos arquivos o máximo possível. Ao escrever arquivos, ele tenta manter os blocos usados sequenciais ou próximos. Isso torna a desfragmentação efetivamente desnecessária.
Veja este link . Ele fornece uma explicação detalhada de como os arquivos são armazenados no Windows e no Linux e por que os sistemas de arquivos Linux geralmente não precisam ser desfragmentados.
Ext4 Howto - Ext4 De acordo com este artigo ext4 desfragmenta na mosca mas eles estão trabalhando em uma ferramenta de desfragmentação. Pessoalmente, não acho que seja necessário, exceto talvez para servidores de arquivos que usam muito.