Com o comando
sudo chown -R my_user my_project/
você alterou todos arquivos em um repositório enorme (como você disse), portanto seu indexador de arquivos do KDE / GNOME / Unity tem muito trabalho agora. Dê tempo ao processo para concluir seu trabalho. Vá e beba um café ;)
Para observar o que está acontecendo de uma perspectiva de entrada / saída, instale iotop
via:
sudo apt-get install iotop
e observe a saída de:
sudo iotop