Estou usando o Xfce, quando me deparo com um problema semelhante, executo alsactl init para iniciar o dispositivo para torná-lo normal.Pode ser que você possa tentar.
Estou executando o Ubuntu 14.04 - a versão pré-carregada no Dell XPS 13 Developer Edition (2015). Eu tenho isso há menos de uma semana. Eu instalei um monte de softwares e mudei alguns padrões (estou rodando o MATE ao invés do Unity, então provavelmente estou usando algo próximo do Ubuntu MATE do que o stock, sem a reinstalação).
A entrada do microfone estava funcionando por algum tempo. Eu usei-o para fazer várias videochamadas no Skype e no Google Hangouts. A última vez que tentei fazer uma chamada de vídeo, no entanto, descobri que nenhum dispositivo de entrada de áudio foi detectado. Eu tentei tudo o que sei e o sistema parece acreditar que o microfone não existe. Eu provavelmente poderia fazê-lo funcionar novamente se eu apenas reinstalasse o sistema, mas eu prefiro não perder minhas configurações, então eu apreciaria algumas orientações sobre como solucionar problemas com o sistema no estado em que se encontra.
Estou usando o Xfce, quando me deparo com um problema semelhante, executo alsactl init para iniciar o dispositivo para torná-lo normal.Pode ser que você possa tentar.