Eu fiz isso recentemente com um SSD em uma caixa USB 3.0 e funcionou muito bem em uma porta USB 3.0 de um Lenovo S1 Yoga. Eu testei com uma chave USB 3.0 64GB e não foi tão suave assim. Executá-lo a partir do USB 2.0 é muito lento para trabalhar. Eu também testei com o Win 8.1 e Office - não há problema como um disco rígido interno.
Uma coisa: Eu não consegui instalar um antivírus no win usando o SSD no case, com o USB Key não foi um problema. Erro foi; Precisa ser instalado em um HDD. Provavelmente, isso não ocorreria sob o Linux, apenas FYI.