Sim, você deveria - de que outra forma você poderia verificar essas possibilidades?
apt-get update
atualizará os dados de repsitory, tanto os repositórios padrão quanto os PPAs. Com as informações atualizadas dos repositórios, o próprio apt-get upgrade
analisará as dependências do pacote e, em seguida, informará sobre quaisquer incompatibilidades entre os pacotes nos repositórios principais ou nos PPAs.