Primeiro de tudo, 4.0.9 é NÃO a última versão do kernel estável para o Ubuntu.
A versão mais recente do stable é a 3.19 que está instalada no 15.04 e está recebendo segurança e outras atualizações.
A instalação de versões de kernel não suportadas não é recomendada e é razoável se não houver outra maneira de usar um hardware específico.
Mas se tiver certeza de que deseja usar kernels não suportados, atualize-os manualmente e pare de obter atualizações estáveis do kernel, depois remova os meta pacotes do kernel executando
sudo apt-get remove linux-image-generic linux-headers-generic linux-restricted-modules-generic linux-tools-generic
Você não pode fixar versões destes pacotes em 4.0.9, porque não existem versões de pacotes em repositórios.