Você deve usar o rysnc:
rsync -avz Archive/testing/ RXB2Bi_Archive/Archive_testing123/
Exemplo:
mkdir -p Archive/testing/AB{1..3}
touch Archive/testing/AB{1..3}/sourceFiles
Vamos ver o resultado:
$ tree
.
└── Archive
└── testing
├── AB1
│ └── sourceFiles
├── AB2
│ └── sourceFiles
└── AB3
└── sourceFiles
5 directories, 3 files
Agora vamos criar o destino:
mkdir -p RXB2Bi_Archive/Archive_testing123/AB{1..3}
touch RXB2Bi_Archive/Archive_testing123/AB{1..3}/destFiles
vamos verificar o resultado:
$ tree
RXB2Bi_Archive/
└── Archive_testing123
├── AB1
│ └── destFiles
├── AB2
│ └── destFiles
└── AB3
└── destFiles
4 directories, 3 files
Agora, execute o comando:
$ rsync -avz Archive/testing/ RXB2Bi_Archive/Archive_testing123/
sending incremental file list
./
AB1/
AB1/sourceFiles
AB2/
AB2/sourceFiles
AB3/
AB3/sourceFiles
sent 268 bytes received 84 bytes 704.00 bytes/sec
total size is 0 speedup is 0.00
verifique o resultado:
$ tree RXB2Bi_Archive/
RXB2Bi_Archive/
└── Archive_testing123
├── AB1
│ ├── destFiles
│ └── sourceFiles
├── AB2
│ ├── destFiles
│ └── sourceFiles
└── AB3
├── destFiles
└── sourceFiles
4 directories, 6 files
Como você vê acima, todos os arquivos são copiados para o local necessário no destino.