O Deja-dup ainda não fornece uma maneira de remover backups antigos; você também não deve excluir alguns dos arquivos, que provavelmente deixarão seus backups sem um arquivo inicial e os tornará inválidos. Remova todos eles e comece de novo é uma opção, mas não é isso que você quer, eu acho.
O Deja-dup mantém backups pelo tempo especificado ou até que o espaço de backup esteja cheio, eles irão gerenciar seus backups adequadamente, uma solução para o seu problema pode ser apenas habilitar cotas para a unidade de backup e não permitir o espaço disponível ou alterar a frequência de backup, uma vez por semana, se você editar muitos arquivos ou estiver sempre copiando / movendo arquivos, você terá uma imagem de backup muito grande.