Eu tenho recebido este erro desde a instalação do meep e o problema reside em duas versões diferentes do hdf5 existentes no seu computador. Um rápido trabalho é fazer o download do hdfview: link
Localize seu arquivo de saída usando mdfind (suponho que você esteja trabalhando em um Mac). Abra o arquivo no HDFView, clique com o botão direito do mouse no conjunto de dados dentro da árvore e vá para "abrir como". Dentro da janela, abra o arquivo como uma imagem e o BOOM pronto.
Felicidades.