Pense nisso por um minuto. Quando o sistema tem um dispositivo montado ( UDF-fs: INFO Mounting volume 'company app', timestamp 2015/04/02 11:22 (1078)
). o código do sistema de arquivos UDF (neste caso) lê índices de arquivos, traz a estrutura do dispositivo para a memória e fica pronto para mediar solicitações de dados. Agora, se você formatar o dispositivo, a cópia na memória dos metadados da UDF será descartada no "disco", mas "válido" na memória. Cena ruim!
A resposta simples é umount
a chave USB primeiro.