Nada, ambos fazem a mesma tarefa.
Nas respectivas páginas do manual:
reboot, halt, poweroff
These programs allow a system administrator to reboot, halt or poweroff the system.
Requests that the system be rebooted after it has been brought down.
Sem a opção -f para reboot , ela encerrará normalmente todos os processos, enviando o sinal 15. No entanto, usar reboot -f invocará a própria chamada de sistema reboot(2) (com REBOOTCOMMAND argumento passado) e diretamente reinicia o sistema.
De pergunta sobre Unix e Linux :
Internamente, reboot usa shutdown -r .