Você pode copiar os discos com o comando dd
em arquivos (ou partições que podem até ser melhores): tome cuidado para copiar cada disco como um todo (e não apenas algumas partições deles).
Você pode montar com o mdadm os novos arquivos ou partições, como sugere. Eu acho que você está certo: a ordem deles não deve contar.
Tentar montar partições com outro sistema de arquivos não as estraga (simplesmente não funcionará).