Eu me deparei com esse problema exato hoje, no entanto, eu estava usando / , /usr , /var como o teste, pois queria capturar alterações no filesytem de uma instalação de pacote e passá-las para fora do OverlayFS upperdir '.
Eu descobri que o OverlayFS não foi projetado para isso, então eu me lembrei do unionfs-fuse ... Eu também vi que o OverlayFS poderia se usar como lowerdir , então eu tirei uma foto usando o unionfs-fuse e funcionou.
Tenha em mente que este é apenas um teste PoC rápido de "laboratório", e tenho certeza que você vai querer ajustar bastante as opções de fusível unionfs para suas necessidades ...
mkdir merged union upper work
sudo unionfs-fuse /=RO:/usr=RO:/var=RO:/home=RO union
sudo mount -t overlay overlay -olowerdir=union,upperdir=upper,workdir=work merged
sudo echo test > merged/newtestfile
ls merged/newtestfile # exists
ls upper/newtestfile # exists
No geral, a solução é um pouco distorcida / demente, mas parece funcionar, pelo menos, para o que eu estava tentando realizar isolando as alterações que poderiam ser desnatadas do diretório ./upper.