É difícil dar uma solução concreta sem conhecer o histórico do problema.
Como solução alternativa, você pode criar links simbólicos:
ln -s /where/it/is /where/it/needs/to/be
Então, para o seu caso:
ln -s /usr/local/lib/jderobot/libcolorspacesmm.so /home/ivan/Desktop/jderobot/JdeRobot/src/stable/libs/visionlib/colorspaces/libcolorspacesmm.so
ln -s /usr/local/lib/jderobot/libJderobotInterfaces.so /home/ivan/Desktop/jderobot/JdeRobot/src/stable/interfaces/cpp/jderobot/libJderobotInterfaces.so