O gerenciador de boot grub permitirá que você inicialize o Windows ou o Ubuntu se colocado no SSD de inicialização atual (substituindo o gerenciador de inicialização do Windows). Se você não quer tocar no bootloader do Windows, e você pode inicializar a partir do segundo SSD (você pode colocá-lo antes do primeiro SSD na ordem de boot no seu BIOS) você pode colocar o grub no segundo SSD e inicializar Windows ou Ubuntu a partir dele.