O Ubuntu usa / media como o local padrão para o automount, então você pode simplesmente usar um hack para o seu problema.
sudo ln -s /media /path-to-your-dir
Agora, o que quer que o usb esteja montado, ele será listado em algum diretório dentro do seu diretório indicado acima.
Isso é um truque, talvez você encontre uma resposta melhor.