Eu não acho que você precise do libfltk-dev. Porque os pacotes dev contêm cabeçalhos, e os cabeçalhos são os mesmos para todas as arquiteturas (esta é provavelmente uma razão pela qual eles entram em conflito).
Para tornar o linker feliz, algo como libfltk1.3: i386 ou libfltk1.1: i386 é necessário. Pacotes desse tipo contêm bibliotecas compartilhadas.