Esta é uma maneira genérica, mas muito difícil de obter uma sessão de usuário em funcionamento quando algo desconhecido na pasta $ HOME foi corrompido. Considere isso como um último recurso, se nada mais ajudar.
Execute esta série de comandos:
cd /home
sudo mv "$USER" "$USER".bak
sudo mkdir "$USER"
cd
sudo chown "$USER": .
cp -rT /etc/skel/ .
Faça logout e faça login novamente
Copie documentos e outras coisas de sua escolha da antiga pasta $ HOME (com a extensão .bak) para a nova.
Editar:
Para corrigir permissões insuficientes no antigo $ HOME, faça o seguinte:
cd /home
sudo chown -R "$USER": "$USER".bak