Eu acredito que você poderia editar o arquivo xorg.conf como mencionado abaixo. Eu não tenho exatamente a mesma configuração, mas tenho alguma experiência com as configurações da Nvidia e do X Server. Não sei se você precisa fazer as duas etapas, mas talvez precise.
Após cada alteração no arquivo xorg.conf, você pode testar as novas configurações com
% bl0ck_qu0te%sem a necessidade de reiniciar o computador. Por favor, faça uma cópia de backup do seu arquivo xorg.conf atual caso algo dê errado e você precise reverter para as configurações de trabalho anteriores.
Você pode tentar editar essas duas linhas "nvidiaXineramaInfoOrder" e "metamodes" .
1.De acordo com Nvidia o "nvidiaXineramaInfoOrder " lista / ordena os dispositivos conectados de acordo com certas regras. Talvez você deva definir "DFP" como o primeiro dispositivo em vez de "CRT". Você terá que fazer isso em um editor de texto.
2. A outra coisa é "metamodes". Se você jogar com
% bl0ck_qu0te%(como usuário root) e alterna as duas telas na Configuração de exibição do servidor X. Então, uma vez VGA está à esquerda e HDMI à direita e depois o inverso (VGA à direita e HDMI à esquerda) e salve o xorg.conf a cada vez para ver a diferença. Supondo que você tenha uma configuração horizontal, é claro, mas é o mesmo se você tiver uma configuração vertical. Você deve ver uma diferença no parâmetro position (sua corrente diz VGA-0: ... + 0 + 0, DVI-I-0 ... + 1680 + 0) . Desta forma, você pode (manualmente) definir a posição das telas.
No seu caso, se você quiser trocar VGA e HDMI, você deve ter algo parecido com isso DVI-I-0 ... + 0 + 0, VGA-0: ... + xyz + 0,) onde xyz é a resolução horizontal da sua tela em HDMI.
Espero que isso ajude!