Como estou funcionando bem com o Debian Jessie, só posso assumir que o caminho seja semelhante:
/var/cache/apt/archives/
Se você NÃO REGULAR
$ sudo apt-get clean all
Você encontrará todos os pacotes instalados, representando os arquivos físicos de
$dpkg --list
Para manter suas configurações atuais, você provavelmente deseja acessar o diretório /home
. E com certeza os diretórios que você mencionou.
Você inspecionou seu carregador de inicialização grub
?