Minha configuração de máquina - Ubuntu 16.04 - MySQL 5.7.13 - PHP 7.0.8 - Apache 2.4.18
Edite o arquivo /etc/dbconfig-common/phpmyadmin.conf, alterando
dbc_dbport=''
a dbc_dbport='0'
Depois de editar o arquivo e salvá-lo, se você ainda estiver no assistente dbconfig-common, selecione repetir , se não executar sudo dpkg-reconfigure phpmyadmin
(escolha Sim ao perguntar se você quiser reinstalar o banco de dados para phpmyadmin), e continuar normalmente sem alterar nenhum valor, se você quiser alterar algum valor, faça no arquivo que você editou antes.
Quando a janela de configuração perguntar o que você deseja fazer com o arquivo de configuração existente, escolha Manter a versão local atualmente instalada .
Neste ponto você pode verificar as diferenças e só devem existir as que você fez no arquivo.