Para verificar pacotes instalados com uma arquitetura:
dpkg-query -W -f='${Package}\t\t${Architecture}\n' | grep 'i386'
dpkg-query -W -f='${Package}\t\t${Architecture}\n' | grep 'amd64'
Use a linha que não é sua arquitetura atual (no seu caso "i386") (e no caso de alguém não ter certeza: você pode verificar a arquitetura com uname -a
(veja Como faço para verificar se eu tenho um 32 -bit ou um sistema operacional de 64 bits? )
Se não forem muitos deles, você poderá limpá-los e instalar a outra versão.