Eu uso o indicador do touchpad, embora tudo o que eu queira fazer seja desligá-lo quando houver um mouse conectado. Há uma configuração que deve permitir que você configure três dedos para fazer um clique do meio. No meu sistema eu instalei assim:
sudo add-apt-repository ppa:atareao/atareao
sudo apt-get update
sudo apt-get install touchpad-indicator
Há uma página sobre isso aqui: link