Por meio de extensas tentativas e erros, parece que o culpado foi
auth required pam_tally.so onerr=fail deny=3 unlock_time=3600 magic_root
Removendo
deny=3 unlock_time=3600
e fazendo
sudo faillog -l 3600 -m 3
parece ter feito o truque.
Eu ainda gostaria de entender por que, se alguém puder oferecer uma explicação. Eu escolhi essas opções com base na página man do pam_tally.