O que eu pude reunir, você tem que registrar o protocolo no gconf:
gconftool-2 --set --type=bool /desktop/gnome/url-handlers/ssh/enabled true
gconftool-2 --set --type=string /desktop/gnome/url-handlers/ssh/command 'gnome-terminal -e "%s"'
gconftool-2 --set --type=bool /desktop/gnome/url-handlers/ssh/needs_terminal false
( fonte )
No entanto, não consigo registrar ssh no cromo. Não tentei com o firefox, mas estas instruções devem ajudar.