Eu usaria o rsync com chaves SSH pela rede e configuraria para ser executado com freqüência com o cron. Desta forma, apenas as mudanças precisam ser transmitidas.
Formato retirado de como faço as instalações em massa?
#!/bin/bash
rsync -avx --exclude=/proc --exclude=/dev --exclude=/tmp --exclude=/sys --delete-after root@${host}:/ /
Na máquina que servirá como backup, crie um arquivo chamado /etc/cron.daily/backup-pull
e torne-o executável sudo chmod +x /etc/cron.daily/backup-pull
. Substitua ${host}
pelo IP do sistema original.
Você terá sincronizações diárias do servidor original para este. Você também pode fazer cron.hourly em vez de cron.daily se você estiver realmente paranóico.