Recorte e reformulação de @MyUserIsThis 'edita a pergunta dele:
Ok, eu chown
ed recursivamente todo o diretório /home/<user>/.matlab
, então eu teria permissões para escrever nele e foi corrigido.
BTW, caso alguém encontre isso, a linha exec do arquivo da área de trabalho deve incluir a opção -desktop
para o script funcionar corretamente quando não for chamado pelo terminal:
Exec=/home/<user>/Matlab/R2014b/bin/matlab -desktop