Erros relacionados à instalação do RSeQC

Question

Eu tenho o Python 2.7.6 instalado, mas ao executar um script python (scripts RSeQC) com o comando:

$ python script.py 

Recebi erros:

ImportError: No module named qcmodule

ou

ImportError: No module named bx.bitset.

Quais pré-requisitos eu preciso instalar?

    

Answer 1

Eu acredito que você pode precisar de:

Primeiro,

sudo pip2 install qc bitsets RSeQC

Em seguida,

sudo pip2 install --upgrade cython bx-python pysam RSeQC numpy

Alternativamente,

Reinstale o RSeQC:

sudo apt-get install libpython2.7-dev
wget 'http://downloads.sourceforge.net/project/rseqc/RSeQC-2.6.4.tar.gz'
tar zxvf RSeQC-2.6.4.tar.gz
RSeQC-2.6.4
python ./setup.py build
sudo python ./setup.py install

Isso deve construir os módulos necessários. Se o erro persistir, defina uma variável de ambiente para os caminhos corretos para os módulos.

    

Answer 2

Experimente os seguintes comandos:

sudo pip install -U qcmodule
sudo pip install -U bx.bitset