Parece que encontrei a solução para minha própria pergunta:
O Dolphin obviamente ignora o [Default Applications] em ~/.local/share/applications/mimeapps.list , mas usa [Added Associations] no mesmo arquivo. Portanto, a maneira rápida de alterar várias associações de arquivos no Dolphin seria copiar todas as linhas em [Default Applications] (definidas com xdg-mime) e colá-las no mesmo arquivo com [Added Associations] antes delas. Muito provavelmente funciona da mesma forma com o Konqueror e tudo o mais usando kde-open .