Abra seu terminal, vá para a pasta home usando o comando cd ~.
Exclua arquivos com o comando rm como mostrado abaixo e faça o login novamente. Isso deve resolver o problema da área de trabalho quando você relogar, já que esses arquivos serão recriados com a nova configuração.
rm -rf .compiz .config .gconf .gnome .gnome2 .kde .gvfs .local