Como por esta resposta as atualizações automáticas nem sequer sabem que o cuda 6.5 está instalado nem qualquer de suas dependências que foram instalados com ele, então você está seguro de executar uma atualização.
Dito isto, nada é 100% certo, portanto faça um backup completo do sistema do seu PC (você é definitivamente o tipo de usuário 4) e prossiga com a atualização.
Se a atualização falhar, basta restaurar o backup do sistema e você estará de volta onde estava!