Três etapas simples:
Para desativar sons do sistema , selecione Sound Settings :

MudoAlertVolume:
Para ignorar o Login Sound aberto Startup Applications :

DesativarGNOMELoginSound:
Para desativar o alerta na tela de login (lightdm), você precisa desativá-lo uma vez - ele é silenciado automaticamente na próxima vez que você iniciar o sistema:
Feito.